Na zijn aankomst in Brussel stelde hij de Raad van Beroerten in, in de volksmond ook wel de Bloedraad genaamd vanwege het grote aantal (1073) uitgesproken doodvonnissen. De belangrijkste taak van deze raad was de mensen op te sporen en te veroordelen die in 1566 betrokken waren geweest bij de beeldenstorm.
Uit de lijst van veroordelingen valt op te maken dat Breda en 's-Hertogenbosch relatief gezien veel opstandelingen hebben geteld. De heftigheid van de maatregelen van Alva deed de landvoogdes, Margaretha van Parma, besluiten om haar ambt op te geven. Alva nam die rol toen van haar over.
De maatregelen van Alva deden Willem van Oranje, stadhouder voor de koning van Spanje, besluiten om uit Brussel te vluchten. In 1568 begon hij de Nederlandse Opstand die aanvankelijk alleen tegen Alva gericht was, maar die uitmondde in een lange strijd met Spanje. Deze opstand staat ook bekend als de Tachtigjarige Oorlog.
Het eerste gewapende treffen vond plaats in de Slag bij Heiligerlee. Daarin werd de Spaansgezinde stadhouder verslagen. Alva liet daarop 18 edelen op de Grote Markt van Brussel onthoofden. Enkele dagen later ondergingen de populaire edelen de graaf Van Egmont en de graaf van Horne hetzelfde lot.
De woede van de bevolking werd nog vergroot door Alva's besluit een zware belastingmaatregel in te voeren, de Tiende Penning. Zijn strenge repressie stimuleerde het verzet en de Spanjaarden liepen forse klappen op. Uiteindelijk diende Alva in 1573 zijn ontslag in bij Filips II.
Bronnen